尸者帝国故事发生在十九世纪末的伦敦，彼时对于尸体的研究已经到达了极致，死亡并非一切的终结，那些灵魂消散肉身却永存的人们被称为“尸者”，被视作廉价而又高效的劳动力。华生（细谷佳正 配音）是一名资历优异的医学生，他的好友Friday（村濑步 配音）死于非命，追寻着好友生前的意愿，华生违反政府规定私自将其制成尸者。　　华生的这一举动令他被卷入了名为“沃尔辛厄姆”的谍报机构中，和Friday一起，他们踏上前往阿富汗的旅途寻找《维克多手记》，手记的主人是弗兰肯斯坦博士，手记中记载了制造拥有意识的尸者The One的方法，而目前最有可能拥有手记者，是一位名叫卡拉马佐夫（三木真一郎 配音）的牧师。